בזרעי הפשתן מספר חומרים פעילים בהם, שומן רב בלתי רווי ובו חומצה אלפא לינולנית, שמהווה מקור לייצור אומגה 3. קליפתו עשירה בסיבים תזונתיים, בגרעין יש חלבון, ויטמין B, מגנזיום, מנגן ופיטואסטרוגנים - חומרים דמוי אסטרוגן ממקור צמחי.
כדי שהגוף יוכל לספוג את החומרים המזינים יש לטחון את הזרעים, ורצוי לצרוך אותם בסמוך לטחינה.
